水巨蜥是最受歡迎的巨蜥之一，野生的水巨蜥是受到國家相關法律保護的，所以市場上出售的大多是人工繁殖的水巨蜥，因此其價格並不是特別的貴。據市場相關統計發現，50釐米的水巨蜥價格在600-800元之間，70釐米以上的價格在1000元左右。成年雌巨蜥在一年中可產卵40個。常被產在2個甚至更多的窩裏。在缺乏顯著乾溼季節的地區產卵可以在一年中的任何時間進行，在其他地區繁殖通常在潮溼季節的初期開始，水巨擇偶時行爲非常粗暴,連抓帶咬.有資料記載擇偶期間雄巨蜥之間的爭鬥兩隻成年巨蜥(雄或雌)以後肢站立，試圖將對方摔倒。蛋被產在白蟻土墩裏,還有把蛋產在高出水平線的洞穴。孵化的時間有很大差異，記錄中有記載從兩個半月到10個月甚至是更長時間(Auffenberg1988:172)象所有的巨蜥一樣，幼體孵化非常隱祕。幼體的體色比成年巨蜥要豔麗的多。水巨蜥孵化週期伸縮性很大---下蛋在任何季節，產蛋環境的條件決定孵化速度，決定幼蜥全年孵化及順利出殼。圈養下孵蛋溫度在30度左右,孵化時間通常爲180～300天。研究人員提到過孵化的蜥蜴性別決定於被孵化的溫度，但是這結論仍然需要更有力的證明。