座便器蓋板並不是所有的座便器都適用；投入成本較高，更換核心部件是一筆大支出；給老人、兒童增加了操作難度。智能座便器的缺點具體如下：
1、蓋板不適用所有座便器
座便器蓋板並不是所有的座便器都適用。目前主流智能座便器蓋產品均面向圓弧形座便器，而與方形座便器配套的蓋板比較罕見。其次，智能座便器蓋對水箱到便座前端距離、安裝孔間距離等具有限制，如果消費者家用的尺寸超出了所允許的區間範圍，則無法順利安裝智能座便器蓋。
2、投入成本較高
智能座便器蓋作為電器產品，其內部電機和集成電路等具有較高的科技含量，因此前期一次性投入成本較高。另外，超出了保修期限的智能座便器蓋，一旦出現問題則意味着消費者要自費修理，如果產品需要更換核心部件，也是一筆大支出。
3、老人和兒童難操作
智能座便器蓋的一側往往配有一個按鈕繁多的操作面板，或是配有按鈕繁多的遙控器，無疑給老人、兒童增加了操作難度。如果誤操作，也許無法順利達到噴水、加熱、除臭等效果，甚至還可能造成產品的電路故障。