經過多年的人工改良和雜交繁殖，燕魚有了許多新的種類，根據尾鰭的長短，分為：短尾、中長尾、長尾三大品系;而根據魚體的斑紋、色彩變化又分成好多種類，在國內比較常見的有：白神仙魚、黑神仙魚、灰神仙魚、雲石神仙魚、半黑神仙魚、鴛鴦神仙魚、三色神仙魚、金頭神仙魚、玻璃神仙魚、鑽石神仙魚、熊貓神仙魚、紅眼神仙魚等等，而最近在國外比較風行的埃及神仙魚在國內還不多見。
燕魚的雌雄鑑別在幼魚期比較困難，但是在經過8-10個月進入性成熟期的成魚，雌雄特性卻十分明顯，特徵是：雄魚的額頭較雌魚發達，顯得飽滿而高昂，腹部則不似雌魚那麼膨脹，而且雄魚的輸精管細而尖，雌魚的產卵管則是粗而圓。由於神仙魚是屬於喜歡自然配對的熱帶魚類，配對成功的神仙魚往往會脫離群體而成雙入對的一起遊動、一起攝食，過著只羨鴛鴦不羨仙的獨立生活。