馬達加斯加大頭側頸龜數量稀少，是受保護的瀕危物種之一，在原生地，馬達加斯加大頭側頸龜經常會遭到人們的獵殺。馬達加斯加大頭側頸龜的個體較大，經常會誤入捕魚網，被人們捕捉。
馬達加斯加大頭側頸龜是世界上瀕危的龜種之一，名列海龜保育基金(TFC)前25名瀕臨滅絕的物種。它有一個堅硬的黑褐色外殼，包裹着龜只的身體。幼龜的甲殼上會有細的黑線，但隨着年齡的增長會漸漸消失。此龜種只分布在馬達加斯加西部低地地區。這個物種的主要威脅是，它們被當作人類的食物，亦有些會被夾在魚網、漁陷阱和鉤線內。它們也會被獵殺，非法出口到亞洲的傳統醫藥和寵物市場。另一個威脅是土地開發破壞其自然棲息地。