房屋確權是保障房屋所有人依法對自己的房屋享有佔有、使用、收益、和處分的權利，它是唯一完全的物權。雖然國家在加快農村房地一體不動產登記工作，但並不是所有的農村房屋都能夠進行確權登記，以下幾類房屋不僅不能確權登記，根據《土地管理法》、《宅基地管理辦法》、《城鄉規劃法》等相關規定還將會被拆除。
1、農村居民未經或者騙取批准非法佔用農村土地新修建的房屋。此類房屋，根據《土地管理法》第七十七條規定，將拆除非法佔用土地上新建的房屋。
2、房屋的宅基地面積超過省、自治區、直轄市規定的標準，此類房屋僅確權合理登記範圍的宅基地面積，多餘的宅基地原則上交予農民朋友繼續使用，待房屋翻新、重建時將收回多餘宅基地。
3、買賣或者以其他形式非法轉讓宅基地上修建的房屋，《土地管理法》第二條、第七十三條就明確規定：禁止買賣或者非法轉讓農村土地，對違反土地利用總體規劃擅自將農用地改為建設用地的將拆除土地上的建築設施。