經適房上市過程中，最受市民關注的是土地出讓金的問題。根據《武漢市經濟適用住房管理辦法》，經濟適用住房購房人擁有有限產權，土地性質爲“劃撥土地”，與一般商品房的“出讓土地”不同。
《規定》中明確，市民交易經適房時，按照相關規定繳納土地收益金，土地使用權可保留“劃撥”。若交易雙方願意將“劃撥用地”變更爲“出讓土地”的，按照該房屋市場價格與房屋原購置價格價差70%的標準補交土地出讓金，土地使用權變更爲“出讓”。
也就是說，交易時如果買賣雙方不變更土地性質，仍舊維持“劃撥”屬性，那麼經適房交易流程和稅費跟普通二手房交易相同。另外，土地性質爲“劃撥”的房屋，交易時有一項土地收益金，按地段等級收費標準×土地分攤面積收取。目前武漢市區土地等級分九級，一級最高，爲不到200元，四五級在100元以下;土地分攤面積一般100平方米的房子只分攤幾個平方米，所以算下來也只幾百元錢。
如果交易時，將該經適房的土地性質由“劃撥”改爲“出讓”，則要按跟房屋的市場價格與房屋原購買價格之差的七成補交土地出讓金，土地出讓年限不超過70年。
比如，2006年，市民李先生透過搖號，購買了位於徐東的一處經適房，86平方米的房子總價爲26萬元，現在該區域的商品房均價接近1萬元，房屋的差價爲50萬元，按七成上繳土地出讓金，意味着要繳納35萬元，房主只能獲得三成差價。
武漢市房管局保障處相關負責人告訴記者，經適房的用地屬劃撥性質，沒有經過國有土地出讓，這樣才能確保經適房單價低於商品房，收取買賣差價充當土地出讓金，就是相當於將經適房用地性質轉成出讓土地。