1、紫外線殺菌器使用的最佳條件爲：水溫：5℃-50℃ 相對溫度：不大於93%(溫度25℃時)電壓：220±10V 50Hz 進入處理設備飲用水的水質，其1cm的透射率爲95%-100%。如需要處理的水質低於國家標準時，如色度高於15度，濁度高於5度，含鐵量高於0.3毫克/升，先採用其它淨化和過濾等方法，使其淨化達標後用紫外線殺菌設備。
2、定期檢查，確保紫外線燈的正常執行。紫外線燈應持續處於開啓狀態，反覆開關會嚴重影響燈管的使用壽命。
3、定期清洗：根據水質情況，紫外線燈管和石英玻璃套管需要定期清洗，用酒精棉球或紗布擦試燈管，去除石英玻璃套管上污垢並擦淨，以免影響紫外線的透過率，而影響殺菌效果。
4、燈管的更換：進口燈管連續使用9000小時，或一年之後，應更換紫外線燈管，以確保高殺菌率。更換燈管時，先將燈管電源插座拔掉，抽出燈管，再將擦淨的新燈管小心地插入殺菌器內，裝好密封圈，檢查有無漏水現象，再插上電源。注意勿以手指觸及新燈管的石英玻璃，否則會因污點影響殺菌效果。
5、預防紫外線輻射：紫外線對細菌有強大的殺傷力，對人體同樣有一定的傷害，啓動消毒燈時，應避免對人體直接照射，必要時可使用防護眼鏡，不可直接用眼睛正視光源，以免灼傷眼膜。