蛋白的主要化學成分是一種蛋白質。禽蛋放置的時間一長，蛋白中的部分蛋白質會分解成氨基酸。氨基酸的化學結構有一個鹼性的氨基-NH2和一個酸性的羧基-COOH，因此它既能跟酸性物質作用又能跟鹼性物質作用。所以人們在製造松花蛋設計，特意在泥巴里加入了一些鹼性的物質，如石灰、碳酸鉀、碳酸鈉等。它們會穿過蛋殼上的細孔，與氨基酸化合，生成氨基酸鹽。這些氨基酸鹽不溶於蛋白，於是就以一定幾何形狀結晶出來，就形成了漂亮的松花。另外，因爲松花蛋的蛋黃中有很多蛋白質分解變成了氨基酸，所以松花蛋的蛋黃吃起來比普通雞蛋的蛋黃鮮得多.松花蛋雖然營養豐富，味道鮮美，但是其鹼性過大，故不宜多吃。有些松花蛋有氨氣氣味之原因是因爲氨基酸分解等複雜反應產生氨氣，建議在食用松花蛋時，加點陳醋，醋能殺菌，又能中和松花蛋的一部分鹼性，吃起來也更有味。