一、公積金貸款利率優惠
同樣貸款金額和還款年限，公積金貸款與商業貸款相比能節省數萬元利息。以一套40萬的房屋爲例，貸款28萬。若商業貸款年限爲25年，則月均還款1721元，25年付款總額516300元，支付利息總額高達236300元。而同樣是年限25年的公積金貸款，月均還款1548元，25年總還款464400元，支付利息總額184400元，比起商業貸款而言，每月能少支付173元月供，25年共節省利息支出近51900元。
同樣貸款金額，同樣還款數額，公積金貸款與商業貸款比，不僅還款時間短，還款利息更少了許多。 同樣的，28萬元貸款，若同樣以1721元/月的金額還款，商業貸款還款300個月，歷時25年，支付總額達516300元，支付利息236300元。而 公積金貸款在還款到第251個月，即在第21年時，全部本金及利息就已經還清，支付總額430715元，支付利息僅150715元，比商業貸款節省利息支 出85585元。
二、公積金貸款還款更加方便靈活
用公積金按揭貸款購買住房，銀行的還款方式會比商業貸款購買住房更加的靈活，借貸人可以自己確定每個月的還款額，但是前提是每個月的還款額不要低於銀行規定的最低還款額，這樣一來，借貸人就可以根據自己的經濟實力制定合理可行的還款計劃，方便借貸人安排自己每月的經濟支出。對於公積金按揭貸款的提前還款，借貸人可以提前償還部分或者全部的貸款本金和利息，並且不需要支付任何的違約金。
但是如果借貸人選擇的是商業貸款的話，銀行貸款的償還方式可就沒有這麼靈活了。對於商業性的貸款，提前還款的方式就只有兩種，一種是一次性提前還清，另一種就是以萬的倍數提前償還。
三、公積金貸款對所購房產的限制性更小
目前各大商業銀行對於二手房貸款的限制條件比較多，對於房齡過高，房產地段不好，房產變現能力差的二手房在銀行是很難申請到住房貸款的。但是對於公積金貸款購房，銀行對二手房房齡的限制就相對較少，二手房的房齡和住房貸款的年限加起來不超過50年就可以申請公積金按揭貸款。