紅頭蛇頸龜的生性較爲膽怯，特別是新進的野生個體，而且與一般南美水龜一樣不耐低溫，在雌雄的辨別上一般是以尾巴爲辨識重點，尾巴粗長的是雄龜，細小的是雌龜。
紅頭蛇頸龜有一個相當扁平的頭和甲殼。兩道貫穿整個橢圓形背甲的似龍骨的凸起，使背甲中間形成一個凹槽。這雙凸起十分個色。紅頭蛇頸龜背甲的顏色是或深或淺的棕色間有黑色條紋。
紅頭蛇頸龜腹甲一律是深棕或黑色，邊緣的淡黃色一直沿伸到緣盾。頭呈暗桔紅色，頸上長有微小的瘤狀物，並由上到下逐漸變少、變小。頭無鱗片，頂部光滑。其餘處的面板是深黑色，且四肢覆有大塊的黑色鱗片。它的四肢和腳趾使人們把它與半水棲龜類聯繫到一起。成體紅頭蛇頸龜能達到大約6英尺(15cm)。